Acerca de este tema existe mucha documentación y en el apartado correspondiente del manual puedes encontrar varias alternativas. Después de haber trabajado con varias wikis en estos últimos años la que encuentro mejor es la siguiente.

Modificar LocalSettings.php

Se debe sustituir el valor de la variable $wgArticlePath por:

y si no tienes definida esta variable se debe añadir en un lugar cercano a la definición de $wgScriptPath.

Modificar .htaccess

Añadir las siguientes lineas a tu .htaccess:

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^$ http://www.ejemplo.com/Portada [R=301,L]
RewriteRule ^[^:]*\. - [L]
RewriteRule ^[^:]*\/ - [L]
RewriteRule ^(.+)$ /mediawiki/index.php?title=$1 [L,QSA]

Las URLs resultantes tienen la forma:

http://www.ejemplo.com/Portada para la Home.
http://www.ejemplo.com/Prueba para una página llamada "Prueba".

Consideraciones

Este método funciona correctamente en distintos escenarios aunque se han de tener en cuenta algunas consideraciones:

[1] La wiki debe estar instalada en el directorio "mediawiki". Si la tienes en otro directorio sustituye "mediawiki" por el nombre apropiado en las anteriores reglas de mod_rewrite.

[2] Si alguien accede a la raíz del dominio es redirigido a "/Portada" con una redirección permanente (301).

[3] Si el nombre de tu wiki contiene un punto (p.e. Ejemplo.com) fallarán los accesos a algunas páginas especiales. Para forzar que las páginas especiales que usan el nombre de la wiki en la URL se procesen correctamente es necesario añadir la siguiente regla justo después de la redirección a la Portada:

RewriteRule ^Ejemplo\.com(.+)$ /mediawiki/index.php?title=Ejemplo.com$1 [L,QSA]

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